El CNI es un movimiento de pueblos, barrios, tribus, naciones, colectivos y organizaciones indígenas que surge como convocatoria zapatista a partir de los diálogos de San Andrés.
Es así como el 12 de octubre de 1996 se funda el CNI con el lema «Nunca más un México sin nosotros» y con el objetivo de la reconstitución integral de los pueblos indígenas. En 2001 llegó el momento de la reforma constitucional, y traicioneramente el gobierno y los partidos políticos del poder legislativo, aceptaron otra propuesta de ley que desconocía en su esencia lo pactado en San Andrés. Ante esto el EZLN y el CNI deciden proponer la construcción propia de su autonomía, desde abajo y a la izquierda, sin esperar ningún reconocimiento del gobierno.